ポルトガル生まれのイエズス宣教師。
1555年に貿易商人として来日したアルメイダは、ガーゴ神父を訪ねて府内に来た。そして同師の指導のもと宣教師となる決心をし、1556年にイエズス会に入会し府内で活動した。 1561年に豊後を出て九州各地を宣教して回り、島原、五島、天草などの教会を開いた。 1580年にマカオで司祭に叙階され、晩年は天草で活動した。
府内での活動は5年程度であったが、その功績は大きい。特に、医学の知識に通じていた彼は、孤児院と内科・外科・皮膚科を有する病院を開設し、囗本に西洋医学を紹介した。また彼は、山口から来たパウロ・キョーゼン、内田トメなど医師の養成にも力を注いだ。
1969年、大分市医師会はアルメイダを顕彰して彼の名をとった「アルメイダ病院」を開設し地域医療に尽力している。